O Programa INOVA ENSP foi lançado em janeiro de 2010 e tinha por finalidade fomentar a pesquisa por meio do financiamento, com recursos do Tesouro, de projetos pesquisa. O objetivo principal desse Programa, que teve dois ciclos de financiamento, era fortalecer a dimensão institucional da pesquisa e da inovação na ENSP, visando produzir conhecimentos aplicáveis na resolução de problemas concretos na área da saúde, em especial das questões pertinentes ao SUS. A primeira versão do Programa Inova ENSP apoiou projetos em campos relevantes da Saúde Pública e disponibilizou pouco menos de R$ 3.000.000,00 (três milhões de Reais) de financiamento total, distribuídos entre 15 projetos temáticos e projetos universais .O acompanhamento dos projetos e seus resultados foram realizados por meio de entrevistas com os coordenadores e, também, contra a apresentação de relatório final e da prestação de contas quando do encerramento de cada projeto.
O Edital do Programa INOVA-ENSP II manteve os mesmos princípios e propósitos do Edital anterior, diferenciando-se na incorporação de novos temas, mais direcionados e ao mesmo tempo plenamente passíveis de variadas abordagens por diferentes grupos de pesquisa da ENSP. Além disso, a segunda versão do INOVA criou uma terceira faixa orçamentária, prioritariamente destinada aos pesquisadores com doutorado concluído há até oito anos . O Programa INOVA-ENSP II selecionou 22 projetos de pesquisa para apoio financeiro, os quais foram executados entre meados de 2014 e dezembro de 2016. O acompanhamento dos projetos do INOVA ENSP II e de seus resultados ocorreu por meio de entrevistas com os coordenadores, de relatórios, da prestação de contas e, também, de apresentações finais dos projetos na forma de seminários, ou de CEENSP ou de palestras. As devolutivas do INOVA ENSP II disponibilizaram para a comunidade científica os resultados, desafios, dificuldades e inovações trazidas por seus respectivos projetos. Até o primeiro semestre de 2017, XXX projetos apresentaram as devolutivas na forma de seminário ou de CEENSP. O Programa INOVA ENSP contribuiu para o aumento da produção científica da ENSP continua a crescer, somando-se, ou não, a projetos que deram continuidade ao que foi lançado nas dua edições do INOVA ENSP.